Black Cat bercerita tentang sweeper yang bernama Train Heartnet dan ia berpasangan dengan Sven, temannya yang berlaga menjadi seorang pria sejati. Dahulunya, Train adalah eraser Chronos yang di segani karena kemampuan yang dimilikinya dan memiliki tanda tato angka 13 romawi pistol dan lehernya. Ditengah cerita mereka akhirnya kembali bertempur melawan Chronos Number dan Creed, mantan rekannya di Chronos Number. Mereka juga bertemu banyak teman-teman baru di tengah perjalanan mereka sebagai sweeper. Train dan teman-temannya sendiri adalah orang netral, dan tidak memihak Creed maupun Numbers. Creed sendiri memiliki ketertarikan yang sangat besar, dan cenderung obsesif terhadap Train. Train sangat membencinya karena dulu Creed pernah membunuh Saya Minatsuki, satu-satunya orang yang dekat dan menyayangi Train.